Футбольный клуб Нафтан ведет свою историю с 1964 года, который считается годом его основания. ФК Нафтан базируется в городе Новополоцк, где и принимает своих соперников на небольшом стадионе Атлант. Клуб из Новополоцка, как и большинство белорусских клубов, неоднократно менял свое название: сначала клуб назывался нефтяник (с 1963 по 1974 года), затем Футбольный клуб Новополоцк, Двина, Коммунальник, опять Двина, Нафтан-Девон. Клуб носил название Нафтан с 1992 по 1994 года и снова восстановил свое название с 2001 года. Среди успехов, которые предшествовали современному этапу становления белорусского футбола, можно выделить победу в кубке БССР. Суверенный этап для ФК Нафтан начался в 1992 году, команда была заявлена во вторую национальную лигу, где и обитала вплоть до 1995 года, а затем в этом же году Нафтан занял первое место в Первой лиги и получил повышение в классе. Лидером команды стал Валерий Стрипейкис, который в последствии стал настоящей звездой белорусского футбола. Став играть в Высшей лиге с 1996 года команда Нафтан не добилась особых успехов, занимая места преимущественно в конце турнирной таблице (трижды были тринадцатыми и единожды двенадцатыми). По итогам чемпионат 2001 года команда Нафтан потеряла место в Высшей лиге и отпустилась в Первую лигу. Но в следующем же году, благодаря второму занятому место, вновь перешла в Высшую лигу и больше оттуда не вылетала. Сезон 2003 года команда закончила на 8 месте, 2004-го – на 10, 2005-го – на 9. Сезоны 2006, 2007, 2008 ФК Нафтан стабильно завершал на 7 месте. В сезоне 2008/2009 команда довольно неожиданно выиграла национальный кубок, благодаря чему получила возможность дебютировать на международной арене. Летом 2009 года, на своем стадионе в Новополоцке, Нафтан переиграл со счетом 2:1 бельгийский Генк, но не прошел дальше из-за минимального поражения в гостях со счетом 0:1. В чемпионате же 2009 года новополоцкой команде не хватило совсем немного до призового пьедестала, команда заняла самое высокое место в своей истории – 4-е.